生物工程专业成立于2001年，分设发酵工程和中药现代化2个专业方向。该专业是河南省特色专业，发酵工程学科为校级重点学科。建有分子生物学校级重点实验室和植物学、微生物学、发酵工程、分离工程等5个专业实验室和一个食用菌研究所。生物工程实验教学示范中心，有宋河酒厂、天方药业等15个校内外实践实习基地。本专业培养适应社会主义经济建设需要的德、智、体全面发展的，掌握生物及其产业化的科学原理、工艺技术过程和工程设计等基础理论、基本技能，能在生物技术与工程领域从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发的专门人才及中高等职业教育师资和相应的教学研究和管理人才。主要学习微生物工程学、生物化学、分子生物工程学、微生物生理与遗传学、基因工程、发酵工程、教学论等方面的基本理论和基本知识，受到生物细胞培养与选育、生物技术与过程等方面的基本训练，具备在生物技术与工程领域从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发的基本能力和从事教学、教学研究的能力。

现有教师22人，其中教授3人，副教授等副高级专业技术职务12人，博士9人，师资力量雄厚，生物工程教学团队是校级优秀教学团队。在发酵工艺优化与创新、生物活性物质开发、微生物资源开发与利用等领域居于行业领先水平，先后获河南省科技进步奖3项，市、厅级成果10余项。

10多年来，培养毕业生1000多名。近三年，毕业生就业率保持在99%以上，考研率保持在23%以上，许多毕业生已经成为企业管理和技术开发的中坚力量。