河南科技学院棉花研究所挂靠生命科技学院，为“国家特色专业和河南省高等学校重点学科开放实验室—作物分子育种实验室”的重要组成部分，为河南省高校重点实验室培育基地棉花生态多样性与种质创新实验室，河南省棉花育种与分子生物学科技创新团队，河南省现代农业产业技术体系棉花产业技术创新团队,河南省作物遗传育种专业重点学科，硕士单位点授权学科。承担着棉花育种和基础生物学研究及研究生和本科生教学工作。 目前，棉花研究所现有研究人员20人，博士10人，教授7人，副教授7人。研究所下设5个研究室：棉花育种研究室，棉花基因工程研究室，棉花栽培生理研究室，棉花分子生物学研究室，棉花病虫害防治研究室。 近年来，先后主持和参加国家自然科技基金项目、国家863计划子课题、国家转基因生物重大专项子课题、国家科技支撑计划子课题、国家农业科技成果转化资金项目、棉花现代产业技术体系、公益性行业专项（农业）、河南省重大科技攻关、河南省杰出人才工程计划、河南省杰出青年基金、河南省自然科学基金等省部级以上项目55项。 棉花研究所在棉花新品种选育、种质创新、品种配套栽培技术、生物技术、转基因工程、棉花病虫害防治等研究方面取得了显著的科研成果，获科研成果奖35项，其中联合国（TIPS）发明创新奖1项、河南省科技进步一、二等奖10项，中华农业科技二等奖1项。获教育教学研究成果奖多项，其中，主持获国家级教学成果二等奖2项、省（部）级教学成果特等奖3项。在国内外重要学术刊物上发表论文300余篇，其中被SCI、EI、ISTP收入80余篇；出版著作、教材25部。 先后培育百棉1号、百棉2号、百棉3号、百棉5号、百棉985等百棉系列棉花新品种15个。其中，百棉1 号2009年通过国家品种审定和新品种保护；百棉2号、百棉3号通过河南省品种审定和国家农作物新品种保护；百棉5号2011年通过河南省品种审定；目前正在参加国家黄河流域棉区生产试验、河南省区域试验品种7个。百棉系列棉花品种在全国10省（市、自治区）及中亚五国推广种植，产生了明显的经济效益和社会效益。