河南省棉麦分子生态与种质创新重点实验室，依托“作物学河南省A类特色学科”，是2015年经河南省科技厅审批立项的实验室。

实验室主任由王清连教授担任，实验室副主任由刘明久教授、茹振钢教授担任。目前实验室有相关研究人员81人，其中有国家突出贡献专家，享受国务院政府特殊津贴1人，全国杰出人才1人，中原学者1人，河南省优秀专家3人，河南省特聘教授1人，何梁何利奖获得者1人，河南省杰出人才创新基金和青年基金获得者3人，外聘院士2人。实验室现有固定人员48人，高级职称占43%，具有博士学位的占78%。实验室成立了学术委员会，学术委员会主任由中国工程院院士喻树迅研究员担任，副主任由中国工程院院士吴孔明研究员、河南农业大学郭天财教授担任，并吸收和汇聚了国内外优秀专家和知名学者作为学术委员会成员，包括中国工程院院士2人，中原学者2人。

实验室设立了棉花、小麦种质资源定向创新与新品种选育，棉花、小麦周年一体化高效栽培技术及分子生态互作研究，棉花、小麦重要功能基因组学等3个主要研究方向。围绕研究方向设立了棉花育种研究室、棉花分子生物学研究室、棉花基因工程研究室、棉花栽培生理研究室、小麦品种创新研究室、小麦遗传调控研究室和小麦生态定位研究室等7个研究室。

实验室主要围绕棉麦连作，实现棉麦一体化早熟、高产、优质、高效的目标，以种质创新为核心，进行功能基因组学研究，开发新的分子标记，助推新品种培育，研究轻简化高效生产关键技术，集成创制现代化栽培技术体系，开展棉麦分子生态互作研究，为棉麦一体化高效生产提供技术支撑，为粮棉增产增效做出突出贡献，服务中原经济区建设。力争把实验建成立足河南面向黄淮辐射全国的集棉麦种质创新、新品种创制和棉麦高效生产于一体的河南省一流重点实验室。